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1613年又下令在全国范围内禁教，驱逐传教士，关闭教堂，禁止日本人私下举行仪式。
1616年4月，家康去世，秀忠继位。同年8月幕府发布了所谓“元和二年禁教令”，要全国上下直到农民，铲除教会、严禁信教，除明船外，信教的外国商船一律只限在平户、长崎两地经商。
根据现在统计，从1619年到1635年被处刑的日本教徒为数约达28万人。刑罚极其残忍。结果大部分教徒被迫改宗。但仍有一部分坚持信仰，参加秘密信教组织。
但是教团转入地下让幕府更加感到天主教的危险，越发加强禁教。1620年，禁止日本人搭乘外国船航海及输出武器；
1622年屠杀外籍及日本教士后，次年驱逐葡萄牙人出境；1624年禁止西班牙人来日通商。
1632年1月，秀忠去世，家光继任第三代将军，进一步加强了对天主教的镇压尤为强烈。1633、1634（宽永十、十一）年，发布第一、第二两次锁国令，实行“奉书船”制度。
1635年发布第三次锁国令，禁止包括特许船在内的一切日船驶往海外，禁止移居海外的日本人回国。
1636年发布第四次锁国令，又补充规定，西、葡人在长崎所生子女不许留在日本，违者处死。
1637年，岛原天草之乱爆发使幕府看到了天主教在日本国内影响的强大和深远，以及对自身统治的威胁，这促使幕府驱逐葡萄牙人的态度更为坚定。
1639年幕府发布第五次也是最后一次锁国令，禁止葡萄牙船来日，并禁绝国外教会对日本教民的一切联系与影响。
至此，锁国体制最终确立，天主教也开始逐渐从日本消失，直到明治维新日本重新打开大门为止。